Plusieurs camps préhistoriques ont été découverts sur la commune, témoignant de son passé ancien. Le plus important d’entre eux est le Turoû de Dous Garos, qui s’élève à 90 mètres, avec des fossés l’entourant, ainsi que trois remparts de terre. Des vestiges de l'âge de fer y ont même été découverts. En 1385, Argagnon et Marcerin dépendaient du baillage de Pau, les seigneurs d'Argagnon étaient la famille de Castéra. Jusqu'en 1846, Argagnon fit partie du canton de Lagor. La commune s'unit à Marcerin le 8 avril 1851 pour former la commune d’Argagnon-Marcerin.